Cariotipo molecolare/Array-CGH

Tale tecnica si basa sull’ibridazione comparativa del genoma del paziente con un genoma di riferimento (Array-based Comparative Genomic Hybridization; Array-CGH) e consente d’identificare particolari alterazioni del DNA note come variazioni del numero di copie (Copy Number Variation; CNV), non sempre rilevabili con tecniche di citogenetica convenzionale. Le alterazioni sono delezioni o duplicazioni/amplificazioni di segmenti più o meno estesi di DNA che, in alcuni casi, possono essere causa di patologie costituzionali, quali sindromi malformative e condizioni di ritardo mentale, condizioni neurologiche e dello spettro autistico ed altre patologie genetiche. L’array-CGH presenta sicuramente un livello di risoluzione molto più elevato rispetto a tecniche di citogenetica tradizionale e consente di evidenziare riarrangiamenti anche di poche centinaia/migliaia di basi, ampliando notevolmente le nostre possibilità diagnostiche. I principali vantaggi dell’array-CGH rispetto a tecniche più convenzionali sono: l’elevata risoluzione, con la possibilità d’identificare anche CNV di piccole dimensioni (sindromi da microdelezione e microduplicazione) e la possibilità di definire in maniera molto precisa la regione genomica alterata e i geni coinvolti, favorendo la comprensione delle relazione tra anomalia del DNA e condizione patologica osservata nel paziente. Attualmente il nostro laboratorio offre questo tipo d’indagine esclusivamente in epoca postnatale.

Tutti i sistemi di analisi utilizzano la piattaforma Agilent Technologies.

Prodotti commerciali:

• • SurePrint G3 CGH ISCA v2, 8x60K
  Gli array ISCA sono stati disegnati dall’International Standards for Cytogenomic Arrays Consortium (www.iscaconsortium.org) per applicazioni diagnostiche. Il design contiene 18.851 sonde in 500 regioni ISCA e 40.208 sonde distribuite sull’intero genoma umano con risoluzione di circa 250 kb.
• • SurePrint G3 Human CGH Microarray, 4x180K
  Il design contiene circa 18.000 sonde distribuite sull’intero genoma umano con risoluzione di circa 50 kb.

Prodotti custom sviluppati dal nostro laboratorio:

• • Motor Chip (NMDv3.15), 8x60K
  Il design offre la copertura esonica di 245 geni coinvolti in patologie neuromuscolari e di altri 180 geni candidati, consente inoltre l’analisi dell’intero genoma umano con una risoluzione di circa 450 Kb (Clin Chem. 2011 Nov;57(11):1584-96).
• • Enhancer Chip (Chr_Abnormalities_v01.00), 8X60k
  Il design consente l’analisi dell’intero genoma umano con una risoluzione di circa 300 Kb, mentre specifiche regioni associate a malattia (telomeri, centromeri e loci malattia) sono coperti con una risoluzione 10 volte maggiore, Inoltre è il primo array in grado di testare 1.250 sequenze enhancer, rispetto al loro possibile ruolo patologico (PLoS One. 2012;7(12):e52264).